В центре сюжета фильма мальчик 16-ти лет по имени Джейкоб, который вырос на дедушкиных рассказах о неком приюте, где жили дети со сверх-способностями. Их домом был один из уэльских островов, а ограждала их от различных напастей воспитательница Мисс Перегрин.

После смерти дедушки, мальчик продолжает вспоминать его фантастические истории. В один день он получает необычное письмо, в котором указано местоположение того самого острова и он отправляется туда, где он все детство провел в своих фантазиях.

Джейкоб убеждается в правдивости фантастических рассказов дедушки. Он знакомиться с дивными детьми, которые скрываются на этом острове от всевозможного зла. Но вскоре Джейк понимает, что не просто так попал на этот остров. Ведь он и сам имеет некий сверхъестественный дар, с помощью которого он должен защитить своих новых друзей, несмотря на свои способности все же остающихся детьми, от неких злобных существ, называемых Пустотами.